棚室栽培花卉，利用夏季7月上旬至8月下旬的高温时段，对棚室进行消毒灭菌，是一个消灭病菌、杀灭虫卵、清除杂草和改良棚室土壤的好方法。做好消毒灭菌工作能有效地防治花卉重茬病，具有操作简便、污染少、成本低、效果好的优点。整地施肥将棚室土壤先进行一次翻耕，结合有机肥料一起施下，以便利用高温杀死有机肥中的病菌，并且有机肥料还有提高地温和维持地温的作用。翻耕耙平后，再按照种植花卉的需要起垄或做成高低厢面，这样可使地膜与地面之间形成一个小空间，有利于提高地温，增强杀菌的作用。
灌水增湿土壤含水量与消毒效果密切相关，含水量过高，不利于提高地温；含水量过低，杀菌效果不佳，一般土壤含水量达到田间最大持水量的60%时效果最好。灌溉的水面以高于地面1厘米至2厘米为宜。
药物处理对已发生死苗现象的棚室，每亩可用死棵灵2公斤至3公斤与5公斤碳铵混合后，撒在地上深翻10厘米至15厘米，然后浇一次大水。对耕作层不足20厘米的地块，土壤板结盐渍化较重的棚室内，或已发生根结线虫危害花卉的棚室，在进行消毒时应先进行深翻土壤30厘米至40厘米，然后撒上石灰氮和秸秆后，旋耕二遍，再起垄盖地膜、灌水、密闭棚室。消毒时间从6月中旬至8月底，温度越高，灭菌效果越好。在密闭棚室之前，还应喷施一次杀菌剂和杀虫剂，以杀死躲在墙缝中的病菌和虫害。
高温灭菌清理棚室后浇一遍大水，将棚膜重新扣上，利用晴好天气密闭10天至15天，使棚内形成超高温高湿环境，一般密封暴晒15天至20天，5厘米至10厘米深土壤温度可达40℃至60℃，最高土温能达到50℃至70℃，从而杀灭绝大部分的病菌与害虫。如果每100平方米铺施150公斤至200公斤稻草秸或麦秆、50公斤至75公斤猪牛粪与棚室土壤混合后效果会更好，因为这些秸秆在发酵过程中会释放出大量热量，地温会更高，不仅起到灭菌杀虫作用，而且能提高土壤肥力。大多数病菌一般不耐高温，经过10多天的热处理可被杀死，如花卉立枯病菌、疫病和菌核病等。但有些病菌如根腐病、根肿病和枯萎病菌等深根性土传病害，因其分布土层深，必须处理30天至50天才能收到较好的效果。对这类花卉病害危害重的棚室，应适当延长闷棚时间。
闷后处理高温闷棚对不超过15厘米深的土壤效果最好，对超过20厘米深的土壤消毒效果较差。土壤消毒后最好不要再耕翻，即使耕翻也应局限于10厘米的深度，否则，会将下面土壤的病菌重新翻上来，发生再污染。高温闷棚能大幅度降低田间的病菌密度，大大减少花卉发病的机会。对有根结线虫的大棚，闷棚后在用底肥时，每亩可用阿维菌素有机肥或克线蛆菌有机肥400公斤，可以基本上消灭根结线虫。
