1、选用抗病品种。选用“会单4号”、“海禾1号”、“珍油玉9号”等，一般硬粒型品种比马齿型品种抗病性好。
2、使用包衣种子。用20%福·克种衣剂包衣，每100公斤种子用药444.4—800克，或用30%多·克·福种衣剂包衣，每公斤种子用药214.0—300.0克。地膜覆盖，适期早播，可使玉米提早成熟，降低感病品种的穗轴和籽粒含水量，能有效减轻后期感染。
3、收集病残体，烧毁或深埋，并实行2—3年轮作。
4、加强田间管理，做到植株生长健壮，提高抗病力。另外，应及时防治玉米螟，因为玉米螟是穗粒腐病菌的浸染媒介。
5、玉米收获期多雨，收获后的果穗不要堆集过厚，应及时剥去苞叶，及早晾晒，经常翻动。贮藏时，保持通风，干燥、低温。
6、处理玉米秸秆。大量的玉米秸秆、穗轴、根茬是镰刀菌和玉米螟越冬的有利场所，所以，必须对玉米秸秆、穗轴、根茬及时彻底处理，减轻病虫初浸染源。
