在设施春提早和秋延后两个主茬种植的2个多月空茬期间，灌水种植水蕹菜，可陆续采收3-4茬，亩产量可达4000公斤。同时，灌水种植还能较好地起到洗盐压盐和淹杀旱生蔬菜病虫草害的作用，从而治理或延缓连作障碍。
品种选择现有蕹菜品种均可以水栽，主要有阔叶、柳叶、青梗、白梗4个品种类型，可根据当地消费习惯选择种植。水栽条件下蕹菜生长速度较快，产品香味变淡，建议选用柳叶青梗品种。
田块选择设施田块应具备较好的灌溉及储水条件，同时要求土壤肥沃、有机质含量较高。
播种定植可直播，也可以育苗移栽。直播每亩用种量10公斤，可条播或点播，条播行距30厘米，点播穴距15-20厘米，每穴播3-5粒种子，苗高3厘米时分批间苗，最后按15-20厘米间距定苗。育苗移栽多采用平畦育苗，撒播，每亩苗床用种量18-20公斤，可定植10-15亩，苗高15-20厘米时分批取大苗移栽定植，行距、穴距均为15-20厘米，每穴栽1-2株。
水位管理蕹菜对水位要求不高，通常出苗前保持土壤湿润以防烂种，出苗后可在土壤充分湿润至5-10厘米浅水层之间任意调节，但考虑到洗盐压盐、淹杀病菌虫卵及杂草等治理连作障碍的功能，应始终保持5-10厘米的水层。
肥料运筹水蕹菜在高温季节生长迅速，需肥量大，要勤施速效氮肥，肥料浓度不能过高，以防烧苗。
防治病虫草害播种或移栽前可用丁草胺、异丙甲草胺进行土壤封闭处理，生长期如有禾本科杂草发生，可喷施高效氟吡甲禾灵防除。旱田育苗期可能有猝倒病、立枯病发生，可喷施代森锰锌、敌磺·福美双等杀菌剂防治。7-9月蕹菜上斜纹夜蛾、甜菜夜蛾较多，可喷施茚虫威、甲氨基阿维菌素苯甲酸盐、苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒等杀虫剂防治。生长期间发生白锈病，可喷施氟硅唑、多菌灵、甲基硫菌灵等杀菌剂防治。
采收在群体株高达30-40厘米时，适当降低水位，近地面留根茬3厘米左右收割。残留的根茬应露出水面，以免水淹腐烂。收割后适当施肥，促进下茬继续生长。
