秸秆反应堆就是将玉米秸秆整体施入棚中，使其在土壤中自然腐烂，从而增加土壤有机质。具体操作方法如下：
首先在蔬菜定植前每隔60厘米挖一条宽60厘米、深50厘米的沟，然后将玉米秸秆整体施入，厚度为20厘米左右，再按玉米秸秆施入重量的10%施入人粪尿等农家肥，或按玉米秸秆施入重量的5%施入尿素或碳铵，然后灌水使农家肥或尿素等均匀分布在玉米秸秆上，再将土回填。施入农家肥或尿素等氮肥主要是因为微生物分解秸秆需要一定量的氮作能源，可加快秸秆的分解。这样使用秸秆反应堆后，在冬季还可增加棚室中的二氧化碳，满足蔬菜生长对二氧化碳的需求。
但要注意，施入玉米秸秆的沟要作为操作行用，未施入玉米秸秆的行定植蔬菜，以防烧根。第二年则在定植蔬菜的行内施入玉米秸秆，两年时间即可在棚室内施一遍，从而使棚室内的有机质含量得到明显补充。
