1、改良土壤理化性质。微生物肥料可快速修复土壤，改善土壤团粒结构，改良土壤板结状况，起到降低土壤酸化程度、降解农药毒害、提高土壤保水、保肥能力的作用，同时补充土壤中缺乏的各种中微量元素。
2、促进作物根系发育。有益功能菌群及其分泌的生长素、赤霉素、脱落酸、乙烯和酚类物质，可有效促进根系发育，增强作物毛细根数量和根系吸收养分的能力，增强植株长势，提高作物抗逆能力。
3、预防土壤病害发生。有益功能菌作为作物根际的优势菌，在空间上限制其它病原微生物的繁殖，对病原微生物起到挤压、抑制作用，对作物根腐病、枯萎病等病害有良好预防效果，可有效预防作物苗腐、猝倒、青枯、蔓枯、萎蔫等。
4、提高作物产量品质。有益功能菌群及其分泌物，可激发细胞活力，快速诱导细胞分裂，刺激作物生长，增强植株细胞质在体内的流动，促进病苗、弱苗、病树、弱树复壮，促进果实膨大，提高含糖量，促进早熟，促进果实着色，改善作物外观及口感。