一、物理防治
1、果实套袋。套袋保护是较好的物理防治措施，既可保护果实的品质，又可预防桔小实蝇的危害。果实可从幼果期开始套袋，袋口务必扎紧，袋的底部应扎洞透气。
2、黄板诱捕。利用桔小实蝇成虫喜欢在即将成熟的黄色果实上产卵的习性，可以采用黄色黏板诱捕成虫。
二、农业防治
1、清洁果园。对发生桔小食蝇危害的场地进行清理，特别是混种有水果和蔬菜的果园。措施包括：（1）清理落果落果初期每周清除一次，落果盛期至末期每日一次，然后将落果集中倒入水池中浸一周以上，或深埋土坑中并在上面盖土半米以上且将土压实。（2）地面处理。清理落果后，及时用50％辛硫磷乳油每亩50-75毫升稀释800-1200倍液均匀喷洒地面，每周施药一次，连续2-3次，杀死老熟幼虫及蛹。
2、破坏越冬场所。冬、春季将果园及其附近土壤翻耕一次，或冬季灌水2-3次，或撒些生石灰粉，均可减少和杀死土壤过冬的幼虫、拟蛹和蛹。
三、性诱灭雄
用甲基丁香酚制作性引诱剂诱杀雄虫，降低果园内的虫源基数。高峰期每亩挂诱笼5只，其它月份每亩挂诱笼2-3只，每只诱笼诱芯一侧每次用性引诱剂2毫升，每15天换药1次，另一侧加毒杀剂马拉硫磷2滴。应将引诱笼悬挂在枝叶繁茂的枝条上，不要使诱捕器暴露于直射日光之下，以免引诱剂过快挥发而失效。悬挂高度以距离地面1.5米处为宜。
四、化学防治
化学药剂防治桔小实蝇的效果不佳，但出土羽化成虫和入土幼虫对有机磷药剂敏感，不同时期可喷洒50％辛硫磷800-1000倍液或95％敌百虫500倍液加上3％的糖醋液。
