水稻秧苗防寒可采取灌水防寒护秧，不过灌水防寒护秧需要根据不同秧龄而采取灵活措施。一般播种后压种压芽，轻晒秧坂至微裂，可提高土温和增加土壤中的空气含量，促进早扎深根，增强以后的抗寒能力。播后芽针期，若温度不是太低或出现霜冻，可不必灌水浸芽，只要保持湿润就够了。
长成秧苗后，初冷时降温不大，若不是吹干冷强劲的北风，可浅灌秧脚水。若气温继续下降，可适当增加灌水的深度；遇到刮强劲北风时，要抓紧灌齐腰水，以防秧苗失水萎蔫。如果持续低温阴雨，灌水时间较长，要利用中午气温回升机会，排去积水，提高土温，更换新鲜水，以提高水中的含氧量，预防根系窒息枯死。
有条件的最好灌长流水。持续低温阴雨过后，天气骤晴要提前灌深水后缓排。排水过急，秧苗不能适应，容易发生烂秧。在水稻返青活棵后，及时追施促蘖肥，一般每亩施尿素5-7.5公斤。在第一次追肥后7-10天，视大田分蘖的发生量及秧苗叶色的深浅变化，适量补施平衡肥或壮蘖肥，每亩用尿素3-4公斤。对基本茎蘖苗不足的以及机插、直播的田块，适当多次增施分蘖肥。
