辣椒根腐病的病原菌为腐皮镰孢菌。在土壤可以存活10年以上，主要靠肥料、工具、雨水及流水传播。发生的原因主要是辣椒长期连作套种、土质较粘、棚内湿度大等因素造成的。
防治措施：
1、选无病土育苗。若苗床带菌，可用抗枯灵可湿性粉剂600倍，每平米泼药液6公斤进行土壤处理。
2、合理轮作。与甘蔗、大白菜、大蒜、大葱等蔬菜实行5年以上轮作。
3、加强栽培管理。高垄栽培并用塑料薄膜覆盖。合理灌溉，不要大水漫灌，有条件可进行滴灌，保持土壤半干半湿状态，及时增施磷、钾肥，最好和酵素菌1号混合施用，增强抗病力。
4、药剂防治
（1）定植时用抗枯灵可湿性粉剂900倍、恶霉灵可湿性粉剂300倍浸根10-15分钟，或用多菌灵、抗枯灵制成药土（每平米用药10克，1/3下垫，2/3上盖）。
（2）定植后浇水时随水加入硫酸铜，每亩用量为1.5-2公斤，可减轻发病。
（3）定植缓苗后，开始灌第1次药（不管田中是否发病）每株250毫升、每天1次，连灌2次。由于是土传病害。一定要提前灌药、预防，如发病后再用药，效果甚微。药剂可用恶霉灵可湿性粉剂3000倍或抗枯灵可湿性粉剂600倍。
