龙眼果树的砧、穗（如果不分品种进行嫁接）有存在着较高的不亲和的几率。例如，将储良的品种作穗，嫁接在以大乌圆品种作砧木上，其亲和率（成活率）能达到90%以上。而嫁接在以石硖品种作砧木上，其亲和率仅达约60%。以石硖品种作穗，嫁接在以大乌圆品种作砧木上，其亲和率仅达50%左右。
并且，即使亲和率高的两个品种嫁接，其高位嫁接亲和率比低位嫁接低（一般砧木的高度约在40厘米以下）。建议在高位的分枝处，将其中的一条分枝截断，让其抽出新梢，等到新梢有2年生长期后，选择优质品种作少量的嫁接亲和试验。成功后，才可将分期分批将分枝截断，再进行接穗。
