所谓辣椒根头腐烂，其实已包括了多种造成根茎、根系等部位腐烂的病害。例如：绵腐病、枯萎病、根腐病，甚至是特别难以防治的细菌性青枯病（前三种病害为真菌性病害）。当植株在雨水天气的情况下出现上述病害而又一般难以施药时，病情便会进一步发展，常常基本无法用药进行治疗而遭受严重损失。此外，由于上述病害病原除绵腐病原外，其余都是土传病害。因此，对枯萎病、根腐病、青枯病等是要以预防为主。
例如对种子、植地进行消毒；对植地及时排除渍水避免田间过湿；在天晴及多雨天气来到之前，用77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液、72%硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，每隔5-7天交替用药灌根及喷茎干、叶片（株灌稀释药液0.3-0.5升）；对茎叶喷药。当发现中心病株时，宜及时将病株挖除移出园外烧毁，并对病穴撒石灰粉以消毒，以防病害扩散。对绵腐病，在发病初期，可用72.2%霜霉威水剂400倍液，或15%恶霉灵水剂450倍液，或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液参照上述的方法喷茎干及灌根。
