菠萝的芽分别由果顶、果基、茎杆、地下茎抽出。由果实顶部抽出的为冠芽（顶芽），果基部或果柄上部抽出的为裔芽，在茎杆中部抽出的为吸芽，在地下茎抽出的为蘖芽（块茎芽）。在菠萝的种植中适时适度地除芽，是提高果实产量与质量的重要技术措施。
例如当菠萝开花一半左右时，将冠芽挖除，果实会比不除芽的增重约100克，并能提早5-7天成熟，但除芽宜用专用的金属制成的挖顶器，沿冠芽茎部第三层叶处插入，铲去生长点丛生小冠芽，铲口要尽量平滑，挖后的伤口宜立即涂上杀菌剂（下同），杀菌剂可选择如70%福・甲硫可湿性粉剂500倍液（下同）。以利用留下的三层叶片遮阴，减少强烈阳光对果实的影响。除芽宜在晴天进行，以减少伤口感染病害的机会（下同）。
对裔芽的疏除，当菠萝果实从莲座丛中抽出后，其基部和果柄上的裔芽和果瘤会相继抽出。数量的多少常因品种的不同而异。对靠近果实基部的裔芽及瘤芽宜全部清除。除芽可分2次进行，以免一时伤口过多造成愈合困难，令果柄增大干枯的风险。由于一些种植者希望保留部分果柄上的裔芽以作种苗之用，则宜按去小留大，去弱留壮的原则。适当保留小部分。但由于裔芽苗种植后一般发根较慢，植后约需一年半才能结果，因此采用裔芽留苗要考虑清楚。
吸芽和块茎芽，一般在母枝抽蕾后抽出，谢花后为盛发期。是继代结果的主要结果母枝，对该类芽选留得当与否，关系到继代植株的稳产高产寿命长短的问题。一般宜留生长健壮，早生低位和分布均匀的芽，以及所留的吸芽与块茎芽比例适度，如留两个吸芽一个块茎芽或两个块茎芽一个吸芽的方式。对于芽位高、弱小，病虫株及不良的，一律清除淘汰。
至于出芽时流出的汁液，一经接触空气氧化成白色状，这是正常的现象，只要按上述介绍的分批适时进行，除芽断口及时进行杀菌保护，问题是不大的。
