1、种子在贮存期间仍不停地进行呼吸，陆续放出水分和热量。如果这些水分和热量不能及时散发，面聚集在种子堆里，就会加剧种子的呼吸强度，而放出更多的水分和热量，如此反复，互相促进，时间长了，就会引起种子发热。
2、由于种子的呼吸作用，使种子堆内积聚了大量的水分和热量，这有利于微生物的生长繁殖。而在微生物活动中，能放出更多的水分和热量，更易引起种子发热。
3、种子贮存过程中，由于贮存条件不善或管理不当，而出现种子吸湿返潮，种子含水量越大，呼吸就越强，放出的水分和热量也就越多，而造成种子发热。另外，有些害虫如谷蠹之类，如果大量繁殖活动，也能促使种子发热。
