一、流胶病
花椒流胶病（干腐病）是常伴随天牛、吉丁虫而发生的一种严重枝干病害。一般椒园的发病株率20%以上，最高达100%，病虫指数达30-50。该病在高温期发病率高，能迅速引起树干基部韧皮部坏死腐烂流胶液，严重影响营养运输，导致叶片黄化乃至整个枝条或树冠枯死，往往使一个建立不久的椒园毁于一旦。
防治方法：
1、防治害虫侵染。及时作好天牛、吉丁虫等虫害的防治，保护和增强树势，减轻流胶病的发生，有很好的效果。
2、药剂保护。用快刀将溃疡性病斑彻底刮除，用流胶减速威或索利巴尔原液涂抹，然后敷一层稀泥，起到药液被树体吸收的作用，效果极佳。
二、根腐病
花椒根腐病，在陇南各县花椒产区都有发生，受害率达85%以上，每年因病死亡率达15.8%。经观察：其它花椒树病害可维持花椒树2-3年才能死亡，如感上根腐病，当年花椒树就死亡。所以花椒根腐病是花椒树的首要大敌，绝不能掉以轻心。
防治方法：
1、注意排水。夏季暴雨较多，提前按花椒树冠筑一条包围圈（埂），预防洪水浸入花椒树根封团毛系孔，致使椒树死亡。
2、对大树的病根要及时剪除，在剪口处涂上索利巴尔原液消毒，再撒上根腐散农药，然后覆盖新土即可。
三、锈病
花椒锈病是花椒叶部的重要病害，可引起椒树叶子提前大量脱落，从而导致椒树再次萌发新叶。这样不仅影响了当年椒树的营养积累，重要的是因二次发叶消耗大量养分，直接影响翌年花椒的产量和品质，更重要的是对花椒树的寿命有很大的威胁。
防治方法：
1、提早防治。在发病前喷1次索利巴尔溶液。
2、及时防治。发病盛期每隔10天喷1次索利巴尔“99”杀虫净农药。喷药时，注意在叶背、叶面及树干上都喷上农药，同时，还可防治花椒白粉病、烟煤病、蚜虫、红蜘蛛等病虫害。
3、清除落叶杂草，集中烧毁，减少菌源。
四、天牛
天牛的种类较多，危害花椒的主要是虎天牛，星天牛、桔褐天牛、红颈天牛等。成虫咬食花椒枝叶，为害较轻，幼虫钻蛀树干，上下蛀食，引起树木枯死，造成花椒减产，为害惨重，每年有12%的椒树受危害，花椒产量一般损失达35%以上。
防治方法：
1、捕捉成虫。在伏天借成虫在椒树上交尾产卵之际进行人工捕捉消灭。
2、消灭幼虫。在流有黄褐色液的被害部位，用小刀挑开刺杀幼虫。
3、药剂防治。按蛀道大小，用细铁丝将木屑、虫便剔净后，再用注射器向蛀道注入对树无损害的强力灭牛灵乳剂，然后用泥封口，防效率达100%。
4、对被害的死树要及时挖除烧毁，彻底消灭虫源。
五、桑白蚧
花椒桑白蚧，以若虫伏于花椒树干上吸食汁液，重害枝上每平方厘米表皮上的虫口常达54头以上，所以，常引起被害枝条枯死。如武都县城郊乡渭子沟村上千株花椒树没有进行防治，全被桑白蚧危害死亡，损失上万元之多。
防治方法：
1、在第一代和第二代若虫孵化盛期，喷布索利巴尔或灭多威400-500倍液。
2、在若虫成熟期，有一种胶质覆盖物保护虫体吸收树汁为害。首先用塑料硬刷进行捣毁后，再用索利巴尔＋“99”杀虫净喷布，效果达100%。
3、对危害而枯死的树枝剪除烧毁。
六、瘿蚊
花椒瘿蚊又名椒干瘿蚊。受害株率在1.6%-100%之间，枝条受害后，嫩枝因受刺激引起组织增生，形成柱状虫瘿。随虫龄的增大，被害部即出现密集的小颗瘤状突起。虫瘿可长达42厘米，有虫数达55-335头之多，受害枝不仅生长受阻，后期枯干，而且常致使树势衰老而死亡。