1、增温排湿，促进根系功能恢复番茄沤根后应密闭棚室，提高棚内温度，以气温促地温回升，提高棚温还有利于排除棚内湿气。同时，采取勤擦拭棚膜、增设反光幕，以及疏叶整枝等措施，增加植株的见光率，提高植株的光合能力，减少空心果的发生。
2、加强根外施肥，增加供养途径番茄沤根后，根系功能恢复需要一段时间，此期为防番茄缺素，可以加强根外施肥，及时喷施芳润、青牛黑液肥等叶面肥，可以有效减少空心果的发生。
3、疏果。番茄沤根严重时，疏果是明智的选择，否则不仅果实发育小、畸形果多，而且植株极易早衰。酌情疏果可以避免上述现象的发生。
4、落蔓压土，增施生物菌肥利用番茄茎蔓易生不定根的特性，将下部20-30厘米茎蔓下落至地面，并用土压住，促生不定根。土壤墒情合适时及时增施生物菌肥，促进植株根系复壮。每次每亩冲施激抗菌968或新快枪手生物菌肥25-30公斤，可以显著促进根系生长。
