1、土壤中各种营养元素不平衡
由于农家肥源有限，长期大量只施用氮肥和磷肥，致使土壤有机质含量大大降低、综合肥力下降、理化性质变差、土壤板结、土地老化、土壤中各种营养元素比例失调，满足不了棉花生长所需的各种营养物质，造成棉铃小，成铃率低。
2、次生盐渍化日趋严重
多年来，忽视了对老棉区排灌系统的清理工作，出现了灌排不配套、排水不通畅、灌排通用、灌渠比排渠深，致使土壤盐渍化严重，土壤环境恶化，出现了烂芽、烂种。
3、机械化程度低
由于历史和经济方面原因，老熟棉区的布局不合理，其规模较小、较分散、形状不正规、田埂多，不便于大型的机械化作业，适宜于小型机械耕翻、中耕、播种作业，致使耕作层较浅，机械作业质量达不到要求，满足不了作物生长所需的土壤环境条件；同时不同农户、不同品种、不同栽培方式插花种植即影响了规模效益的发挥，也不利于科技植棉水平的提高。
4、病害加重
对于老熟棉区，一方面轮作倒茬困难，连作年限长，导致土壤中菌量逐年增加，另一方面对棉花的两萎病检疫不够重视，使两萎病区迅速蔓延，无病田减少，由以前的5%发展到目前的30%；还有随着土壤中钾元素的缺乏，棉花红枯萎病的发生也较为普遍。这些病害的发生严重影响了棉花产量和品质。
5、土壤的残膜量较高
随着地膜植棉技术的多年推广及对白色污染不够重视，致使棉田土壤中的地膜的残留量逐年增加。据调查，有些老熟棉区地膜残留量已达每平方米92克，平均均都在每平方米达60克，严重影响了棉花了发芽、根系的生长。
6、思想保宋观观念陈旧
在品种更新上虽然取得了一定的成效，但在管理上仍采用老一套的技术和管理办法，凭经验植棉，对一些棉花增产新技术、新产品持有怀疑态度，未能及时准确的落实好各项技术，抑制新品种产量潜力的发挥。
