1、选用抗病品种。实践证明，即使在丝黑穗病重发生区种植抗病品种发病率比感病品种低10%。要选好种，播前晒种。
2、轮作。黑穗病病原菌可在土壤中存活3年。病株大于20%的重病田要种高抗品种3年，中等感病田要停种玉米1年，然后选用中抗病品种。土壤要深翻，耙压连续作业。播深一致，覆土适宜，促使种子较快发芽，缩短种子在土壤中滞留时间，减少病株侵染几率。
3、调整播期。根据土质、品种、墒情、生育期和品种抗病性，适期晚播避开低温。较低土温延长了种子在土壤中萌发至出苗的时间，增加病原菌侵染玉米的概率，因此海城地区提倡5月1日左右播种，避免不适宜早播。
4、拔除病株。可分苗期和成株期两次进行。苗期结合间苗铲地拔除病苗、弱苗。大部分拔除是在出穗之后、黑粉散落之前，及时铲除病株和病穗，带出田外集中深埋。
5、药剂处理。在丝黑穗病重发区必须进行种子包衣。利用种衣剂4号处理种子。每公斤4号种衣剂加42公斤玉米种子拌种。用药剂处理种子，每10公斤玉米种子用2%立克秀拌种剂30克拌种，或用15%粉锈宁可湿性粉剂40克拌10公斤种子。目前海城地区推广使用20%克百威福美双合剂乳油或多菌灵福美双克百威合剂乳油按药剂种子1:40-50比例拌种，防治玉米丝黑穗病效果良好。