1、营养不足。多年种植同一作物后，该作物对某一元素连年消耗，特别是不注意补充微量元素，就容易造成营养不足。
2、土壤结构及酸碱度发生变化。长期连作后土壤腐殖质降低，土壤团粒结构遭到破坏，土壤中的微生物群体改变可能导致土壤酸碱度变化。
3、病虫害基数加大。特别是土传病害及地下害虫由于多年连作而随之积累，容易引起某些病虫害的突发性大暴发。
4、盐类积累。由于长期连作及不当栽培管理和偏向施肥，因而土壤养分容易流失，盐分容易积累，加上为了追求高产，过度施用化学肥料，造成盐分积累，严重的可形成盐碱地。
5、自毒性增加。作物根系分泌有毒物质，微生物释放出有毒物质，化学农药、化学肥料及化学激素施用后也可能产生残留物，多年连作，当土壤环境中达到某一临界浓度后，就会引起毒害作用。
