1、床土消毒
育苗时所用的床土最好到没有种过蔬菜的大田中去取，否则要进行床土消毒。方法是：播种前15-20天将床土扒松，每平方米床土用福尔马林30毫升，对水2-4公斤后喷于床面，再用薄膜覆盖4-5天，然后扒松土壤，待药气全部挥发完后再播种。
2、种子消毒
辣椒种壳厚，播前先用50-55℃温水浸30分钟，然后用常温水浸泡6-8小时，取出后用高锰酸钾1000倍液浸种10分钟，再用清水冲冼干净，捞出水滤干，用布包好，放在25℃-30℃恒温催芽，经3-5天种子大部分露白后即可播种。
3、育苗期温度水分管理
（1）冬种或早春保护地及露地栽培的辣椒苗期正值冬春季节，应在保护设施内育苗，要注意加强苗期温度、水分管理。苗床的温度要保持在12℃以上，出苗后注意通风炼苗，以提高幼苗的抗病能力。
（2）分苗前一般不浇水，如果苗床过于干旱，可用喷壶适当喷水，但喷水量不宜过大，切忌大水漫灌，以免床土湿度过大，使幼苗发生猝倒病、立枯病等苗期病害。
（3）采用苗床分苗时，如果分苗用的苗床过于干旱，也不要大水漫灌，可用喷壶适当喷水。苗期也不能大水漫灌，以尽量降低设施内湿度，这是防止病害发生的一个重要措施。
4、病害防治
若发现病苗要及时清除，防止蔓延。在发病前后以及苗期定植到大田前各喷一次药，常用药剂有百菌清、多菌灵、铜铵合剂、波尔多液以及一些复配农用杀菌剂，如多·福或福·甲硫可湿性粉剂，药剂要注意交替使用。
