柠檬相比较其它水果树，算是抗病虫害比较好的果树了。特别是在北方栽培的柠檬，由于北方气候干燥，病虫害更加的少，柠檬几乎不用怎么担心病虫害侵袭。对于柠檬病虫害，以预防为主，不过要做好柠檬树生长环境的卫生，要是叶面有尘土，最好喷水洗净，当然通风透光也很重要，这些外在条件都可以有效的避免病虫害出现。
一、柠檬树病害
病害：主要有炭疽病、疮痂病、流胶病、脚腐病、黄斑病、褐斑病等。
主要防治法：加强栽培管理，注意排灌，增施有机肥，及时间伐和修剪，避免果园郁闭。炭疽病和褐斑病通常采用多菌灵、45%咪鲜胺、80%代森锌、34%多抗霉素等进行防治，疮痂病、脚腐病一类通常采用是先削去病部，再喷施2%春雷霉素或50%多菌灵进行防治。
二、柠檬树虫害
虫害：主要有螨类、花蕾蛆、蚧壳虫类、粉虱类、潜叶蛾。
螨类：①人工投放捕食螨，果园间种霍香蓟等。②药剂采用虱螨脲、5%啶虫脒、5%噻螨酮等进行杀虫。
花蕾蛆：根据病虫测报，成虫出土时进行地面喷药，是阻止花蕾蛆上树为害的最有效的办法，利用成虫刚出土时不立即飞翔，先在地面爬行的有利时机，或在现蕾(花蕾露白似绿豆大小)，或花蕾刚现白，成虫快羽化出土时喷药。每亩可选用10%高效氯氟氰菊酯、5%阿维菌素等进行杀虫。
蚧壳虫类：在若虫孵化期，施药2-3次，采用毒死蜱进行杀虫。
粉虱类：结合冬季修剪，剪除密弱枝和萌蔽枝及虫枝，改善通风透光条件以及减少越冬虫口基数。对1-2龄若虫盛期的，要进行药剂防治，可采用的药剂有虱螨脲、吡虫啉等。保护利用天敌，粉虱类害虫天敌种类有寄生菌、寄生蜂和捕食性天敌等，在防治病虫害时注意选择对有益生物伤害较小的药剂。
潜叶蛾：抽发不整齐的夏梢，集中放梢，以减少虫口基数。药剂采用5%甲维盐阿维菌素苯甲酸盐或5%高氯·甲维盐进行杀虫。
