甜玉米苗期主要病害包括粗缩病，茎基腐病，丝黑穗病等。
一、粗缩病
1、用70%锐胜200-300克，包衣玉米种子100公斤，可以有效防治苗期灰飞虱，减轻粗缩病的传播。
2、，玉米出苗后可喷阿克泰、功夫、吡虫啉、植病灵，混合喷雾，每隔6－7天喷1次，连喷3－4次，这些药剂应早喷，主要作用是杀灭田间灰飞虱，促进幼苗生长，减轻发病。注意喷药时田间地头的杂草上也要喷到。
二、茎基腐病
1、选用抗病品种；
2、大面积轮作能有效地控制该病发生;
3、种子处理：药剂拌种。每1公斤玉米种，用1.5－2毫升3.5％满适金拌种，拌种凉干后播种。
三、丝黑穗病
1、选用抗病品种；
2、大面积轮作：与其它作物实行3年以上轮作，能有效地控制该病发生；
3、拔除病穗，要求在出现灰包并尚未破裂之前进行，集中深埋或烧毁。
4、种子处理：剂拌种。每1公斤玉米种，用2.5％适乐时1毫升加5％烯唑醇3毫升拌种，拌种后播种。
5、药剂防治：戊唑醇。