一、病毒性病害
菌丝退化，生长不良，逐渐腐烂，子实体感染后引起畸形菇发生。防治：在感染处注射1：500苯来特50％可湿性粉剂，并用代森锌粉剂500倍水溶液喷洒菇场，防止扩大传染。
二、真菌性病害
1、绿霉菌。初期菌丝为白斑，逐渐生成浅绿色，菌落中央为深绿，边缘呈白色，后期变为深绿色，严重时可使菌袋全部变成墨绿色。防治：用2％甲醛和石碳酸混合液或用克霉灵、除霉剂注射受害部位；也可利用温差进行控制，根据香菇菌丝和绿霉菌丝所需温度不同，把感染后的菌袋处理后运出培养室，置于20℃以下阴凉通风的环境中，可抑制绿霉的扩散，香菇菌丝亦能正常生长。
2、脉孢霉。又称链孢霉、红色面包霉。在无性阶段初为白色粉粒菌落，后呈粉红色，主要靠分生孢子传播，是高温季节7-8月发生的重要杂菌，来势猛，蔓延快，危害大。防治：脉孢菌喜高温潮湿，所以首先避免高温湿环境。在培养料中加入占干料重量0.2％的25％多菌灵或0.1％的75％甲基托布津，可抑制培养料中残存的或发菌期侵入的病原分生孢子；菌袋发菌初期受害，应用500倍甲醛稀释液或用煤柴油滴在未完全形成的病原菌落上；发菌后期受害，可将菌袋埋入30-40厘米透气性差的土中，经10-20天缺氧处理后可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
3、毛霉。又称黑霉、长毛霉。菌丝无色透明，菌落初为白色，菌丝长势极快，每日可长3厘米左右，后期呈灰色或黑色。通过降温、通风、防潮防治。
4、青霉。菌丝前期多为白色，与香菇菌丝很难区分，后期转为绿色、兰色、灰色、肝色，在20-25℃酸性环境中生长迅速，与香菇菌丝争夺养分，破坏菌丝生长，影响子实体形成。防治：加强通风降温，保持清洁，定期消毒。局部发生可用防霉1号、2号消毒液注射菌落，亦可用甲醛注射，进行封闭。
5、曲霉。初期为白色，后期为黑、棕、红等颜色，菌丝粗短。香菇菌丝受感染后，很快萎缩并发出一股刺鼻的臭气，致使香菇菌丝死亡。防治：加强通风控制喷水，降低温度和湿度。严重时可用1：500倍托布津或防霉1号、2号消毒液处理病处。
三、细菌性病害
1、褐腐病。病原菌为荧光假单孢杆菌，在香菇的组织细胞间隙中繁殖，使受害子实体停止生长，菌盖、菌柄和菌褶变褐色，最后腐烂发臭。防治：搞好菇场及工具的消毒，及早清除病变的菇体。然后用链霉素1：50倍喷洒菌袋，杀灭蕴藏在菌袋中的病菌，防止第二茬复发。
2、细菌斑点病。又称褐斑病，病原菌为托兰氏假单孢杆菌，菌落形状大小各异，一般呈灰色。当病菌侵染子实体时，会使菇体畸形、腐烂，菇盖产生褐色斑点，纵向凹陷形成凹斑。若培养基受到浸染，基料会发黏变臭。防治：将侵染子实体立即摘除，并喷施1：600倍次氯酸钙溶液(漂白粉)进行消毒。
