沙糖桔出现的根腐病，一般是土壤长期水分过足，氧含量过少，令根系窒息死亡，然后出现腐烂；施肥量过大或过于集中，根系接触肥料部位失水后腐烂；或施入未经腐熟的有机肥，灼伤根系后出现根腐；或因脚腐病发展后下传，根系受感染后出根腐等。根结线虫病是由根结线虫（动物源）为害根系后出现的病害。对根腐病的防治，应当分析其发生的原因，采取针对性的防治方法才能有效果。因土壤水分长期过足而造成的，则采取浅松土，挖排水沟降低地下水位，或大雨时能及时排干树盘积水。
如果经检查发现在根茎处出现有腐烂物，则有可能因脚腐病导致根腐。首先将腐烂物刮除，再用70%福o甲硫可湿性粉剂800倍液与新鲜坭土调成药坭敷合，及用上述药液灌根，以保护根系；如果发现根系中出现有灰褐的如豆粒般的瘤状物，则为根结线虫为害，可用3%阿维菌素乳油5000倍液灌根，每隔约15天灌药1次，连续用药约3次，以消灭根结线虫。
黄龙病是一种类病毒侵染病害。病害传播途径主要由刺吸式口器害虫，吸食病树汁液后携毒向健树传播。其病症一般只从树冠上反映。如出现红肩果、叶片出现斑驳形黄化或缺锌状黄化，或树冠顶抽出数条黄化的新梢等，一般不会出现根腐的。