引起玉米吐丝不畅、穗腐烂的原因较多，除了种子本身质量问题还有环境、病虫危害等。玉米丝黑穗病是由真菌引起的系统性病害，病原为丝轴黑粉菌。
主要原因：
1、土壤带菌。直接导致了玉米丝黑穗病的频繁发生。
2、特殊的气候条件。播种到出苗期间降水偏多，温度较低，致使土壤温度低，地温上升慢，拉长了玉米出土和幼苗发育初期这个易感病阶段，给病原菌创造了更多的侵染机会。
3、播前对可能带菌的玉米种子未拌种或拌种技术不当。目前市场上大部分种衣剂对玉米丝黑穗病的防效不高，加上部分农户没有进行药剂拌种或选用的拌种药剂不当都是造成病害发生的重要因素。
防治方法：
1、轮作。重病区可选择与大豆、蔬菜、马铃薯等作物轮作。减少土壤中病菌积累。轮作期3年。不能与高粱轮作。
2、选用抗病品种。
3、种子处理。这是防治玉米丝黑穗病的关键，最好选用包衣种子，也可以用药剂拌种。药剂拌种，在播前精选种子，放入容器内，加入种子量1%的水，把种子拌湿，然后把种子量0.1-0.2%的12.5%烯唑醇（特普唑）粉剂均匀拌到种子上，稍晾干即可播种。拌药一定要均匀。适用药剂还有：种子重量0.4%的粉锈宁（有效成分25%）；种子重量0.5-0.7%的多菌灵、萎锈灵（有效成分均为50%）；种子重量0.3-0.5%的12.5%速保利可湿性粉剂、50%甲基托布津可湿性粉剂。
4、拔除病株。及早拔除田间笋状、矮缩丛生、叶上有黄条以及茎叶异常、畸形的植株，带出田外集中深埋或烧毁，不可随意丢放，也不要用来喂家畜。秸秆肥要堆沤发酵，杀灭病菌。
