番茄的主要病害有早疫病，晚疫病、病毒病、灰霉病、叶霉病等，若防治不及时，将严重影响番茄的产量和品质。
1、番茄早疫病
（1）症状苗期生病，幼苗的茎基部生暗褐色病斑，稍凹陷有轮纹。成株期叶片发病初呈水浸状暗绿色病斑，扩大后呈圆形或不规则形的轮纹斑，边缘多具浅绿色或黄色晕环，中部呈同心轮纹，潮湿时病斑上长出黑色霉层。病叶一般由植株下部向上发展，严重时中片脱落。茎部病斑多着生在分枝处及叶柄基部，呈褐色至深褐色不规则圆形或椭圆形病斑，凹陷，有时龟裂，严重时造成断枝。青果染病，始于花萼附近，初为椭圆形或不规则形褐色或黑色斑，凹陷，后期果实开裂，病部较硬，密生黑色霉层。
（2）防治方法发病前可喷洒58%甲霜灵锰锌、杀毒矾等药剂防治；也可于发病初期采用粉尘法，喷洒百菌清粉尘剂防治；生长期可用百菌清烟熏剂于傍晚熏蒸或40%施佳乐悬浮剂、50%扑海因悬浮剂1000倍液均匀喷雾。
2、番茄晚疫病
（1）症状幼苗、成株均可发病，为害叶、茎、果，但以成株期的叶片和青果受害较重。幼苗感病出现暗绿色水浸状病斑，由叶片向主茎发展，使叶柄和茎变细呈黑褐色而腐烂折倒，全株萎蔫，湿度大时病部产生白霉层。幼茎基部发病，形成水渍状缢缩，幼苗萎蔫或倒伏。成株期叶片染病多从下部叶片发病，形成暗绿色水浸状边缘不明显的病斑，扩大后呈褐色。湿度大时叶背病健交界处出现白霉，干燥时病部干枯，脆而易破。茎部病斑最初呈黑色凹陷，后变黑褐腐烂，易引起主茎病部以上枝叶萎蔫。青果染病，病斑呈油浸状暗绿色，后变黑褐色，稍凹陷，病部较硬，边缘呈明显的云纹状。湿度大时生长白霉，迅速腐烂。
（2）防治方法当田间发现中心病株时，要及时喷药防治。喷药后闭棚增温，可提高防治效果。使用68.75%银法利悬浮剂50～75毫升/亩均匀喷雾，可以达到保护和治疗的双重效果。
3、番茄病毒病
（1）症状番茄病毒病主要有三种类型：a花叶型。叶片上出现黄绿相间或深浅相间的斑驳，叶脉透明，叶片略有皱缩，病株略矮，新叶小，结果小，果实表面质劣，多呈花脸状。b蕨叶型。由上部叶片开始全部或部分变成条状，中下部叶片向上微卷。花瓣增大，形成巨花。植株不同程度矮化。c条斑型。主要表现在果实和茎上。叶片上表现茶褐色斑点或花叶，背部叶脉紫色；茎上出现暗绿色到黑褐色下陷的油渍状坏死条斑、病茎质脆易折断；果实上多形成不同形状的褐色斑块，但变色部分仅处在表层组织，不深入到茎和果肉内部，随着果实发育，病部凹陷而成为畸形僵果。
（2）防治方法每亩用艾美乐70%水分散粒剂3～4克对水30～45公斤喷雾，防治蚜虫或者白粉虱等刺吸式口器害虫，以便切断昆虫传播的途径，达到防治病毒病的目的。也可在感染病初期，喷施植病灵1000倍液，以减轻毒害的为害程度。
4、番茄灰霉病
（1）症状番茄花、果、叶、茎均可发病。果实染病，青果受害重，残留的柱头或花瓣多先被侵染，后向果实或果柄扩展，致使果皮呈灰白色，并生有厚厚的灰色霉层，呈水腐状。叶片发病多从叶尖部开始，沿支脉间成V形向内扩展，初呈水浸状，展开后为黄褐色，边缘有深浅相间的纹状线。病、健组织界线分明。茎染病时开始呈水浸状小点，后扩展为长圆形或条状病斑，浅褐色。湿度大时病斑表面生有灰色霉层，严重时致病部以上枯死。
（2）防治方法选用无菌土配制营养土，床面用50%多菌灵500倍液消毒；加强通风管理，降低空气湿度，防止叶处结露；空气湿度应保持在80%以下，避免阴天浇水或浇水后遇连阴天；清洁田园，及时摘除病果、病叶。番茄蘸花时加0.3%扑海因悬浮剂或可湿性粉剂，预防灰霉效果好。也可在花期喷洒施佳乐40%悬浮剂1000～1500倍液，或扑海因1500倍。
5、番茄叶霉病
（1）症状番茄叶霉病主要危害叶片，严重时也危害茎、果、花。叶片被害时叶背面出现不规划或椭圆形淡黄或淡绿色的褪绿斑，初生白色霉层，后变成灰褐色或黑褐色绒状霉层。叶片正面淡黄色，边缘不明显，严重时病叶干枯卷曲而死亡。病株下部叶片先发病，逐渐向上部叶片蔓延。严重时可引起全株叶片卷曲。果实染病，从蒂部向四周扩展，果面形成黑色或不规则形斑块，硬化凹陷。
（2）防治方法控制浇小水、勤浇，勤放风，控制大棚湿度，多施有机肥、生物肥，特别冬季少施化学肥料。发病初期选用好力克43%悬浮剂3000倍液，或50%扑海因悬浮剂或可湿性粉剂1000倍液均匀喷雾。
