棚室蔬菜的生态控制就是通过控制棚内环境条件，抑制病害发生，以减少化学农药用量，消除污染残留，使蔬菜达到高产、优质、生态、安全的目的。
一、温度条件调控。棚室温度低是茄果类、瓜类灰霉病等发生的主要原因。实践中，采用高畦双膜覆盖，棚室每3米留一通风窗，晴天早揭草帘，下午及时盖帘。温度超过30℃及时放风。冬春季平均气温低于15℃时，关闭通风口以达到较好的保温效果。
二、光照条件的调控。光照不足温度难以保证，棚膜老化、透光性差、有水滴灰尘都影响光照。试验测定，采用无滴膜可增加光照20%左右。建棚时，要求棚室向西偏10°左右，以提高棚室温度。
三、水分条件的调控。棚内湿度过大也是引发病害发生的重要因素。为此，早上棚内相对湿度达90%以上时应及时放风20―30分钟。实践证明，采用双膜覆盖、膜下浇水、及时放风的，下午3时棚内相对湿度为62%；双膜覆盖，膜下滴灌的为58%，单膜覆盖的对照棚相对湿度为87%。
四、气体条件的调控。温室大棚内二氧化碳浓度过低，影响蔬菜光合作用，生长势弱，降低抗病力。对部分管理水平较高的棚室，要求增施有机肥，增加二氧化碳，或在见瓜见果后，从揭草帘到中午12时，增施二氧化碳气肥，可明显增强瓜果长势，增强抗病性。
通过以上生态控制技术，棚室内化学农药用量可大大降低，这样既降低投资成本，又减轻了农药污染，其经济效益和生态效益都很明显。