榨菜根肿病病原菌为十字花科芸苔根肿病，其病原菌在土壤中可存活6～7年，并随土壤、水流、带病植株的移动而传播，该病几乎侵染所有十字花科植物，其中以长柄芥（青菜）、抱子芥（儿菜）、大白菜、小白菜、萝卜感病最重，甘蓝（莲花白）、花椰菜（花菜）发病略轻。重发病区可造成大面积减产减收，有些田块甚至死苗绝收。
榨菜生长的整个生育期间都可受根肿病的危害，苗期一般在播种20天左右即植株两片真叶时初显症状，在主根上出现轻微突起，颜色与根部无区别。随着苗龄增长，其肿瘤逐渐增大。到适期移栽约播种后29～34天、5～6片真叶时，肿瘤长至直径约0.7厘米，是主根的2～3倍，呈米黄色椭圆型或不规则状，地上叶片无明显症状。
榨菜发生根肿病，土壤湿度大是一个主因，特别是榨菜栽下后，刚好遇到土壤耕作层温度在8℃以上的延续时间长，加重发病，排水及时土壤含水量小的地块危害明显要轻。因此要深挖理通排水沟，做到流水畅通不积水，降低土壤湿度。
其次，研究表明，PH值在6.3～6.8之间的微酸性土发病最重，PH值在8.0以上可抑制发病，PH值在9.0以上不发病。因此，对酸性土，可采用亩施石灰150公斤左右进行土壤改良，对已经出现的病株，除了及时拔除携出田外集中烧毁外，还应在病蔸周围撒上石灰乳，防止病菌进一步传播。
第三，土壤施用了大量酸性过磷酸钙会加重发病。因此，应合理施肥，多施有机肥、施磷肥用中性肥为佳。
该病采用化学防治时，可用50％甲基硫菌灵可湿性粉剂，或50％多菌灵可湿性粉剂，或72％霜脲锰锌可湿性粉剂，或72.2％霜霉威（普力克）水剂600倍液灌根。
