辣椒梗蔫巴是根部受害吸水受影响形成的症状。辣椒在成株期根部病害主要有两种：一是枯萎病，另一种是疫病。
枯萎病以枝梗蔫巴为主要特征。如植株长的较矮，叶片由植株下部向上部逐渐变黄、脱落，剖开病茎已变黑褐色，即维管束变黑褐色。该病由镰刀菌侵染发病，属真菌病害。为土壤传播，连作地和农家小园最易发病。
防治办法：采用50%多菌灵，500倍液灌根，可以挑治，不发病的不灌，连灌2-3次。
疫病辣椒茎基部出现水浸状病斑，多半在成株的盛花期发病，病部湿腐隘缩，呈黑褐色条斑，有倒伏现象，叶片脱落，花蕾脱落，剖开茎部维管束不变色。该病为疫霉菌侵染引起，也属真菌病害和土壤传播，雨季发病重，连作病重，有中心病株现象。因病菌在土壤中，防治上也要土壤施药。
防治方法：用72%克露700倍液或77%可杀得700倍液，或69%安克锰锌1000倍液，或25%甲霜灵800倍液灌根，严重时5天1次。也可用上述药喷洒植株，消灭病斑上的病原菌。
