杂交水稻真正要培育的是雄性不育系。杂交水稻是通过不同稻种相互杂交产生的，而水稻是自花授粉作物，对配制杂交种子不利。要进行两个不同稻种杂交，先要把一个品种的雄蕊进行人工去雄或杀死，然后将另一品种的雄蕊花粉授给去雄的品种，这样才不会出现去雄品种自花授粉的假杂交水稻。
杂交水稻是在1973年由袁隆平成功培育出来的，名叫“南优2号”，是世界上第一个实用高产的杂交水稻品种，在1987年杂交水稻增收的粮食高达150亿千克。杂交水稻的意义是成功的让中国人民摆脱了饥饿的困扰，从此人们不再为粮食而困扰。
杂交水稻指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，就是杂交水稻。一般杂交水稻仅指由两个遗传背景相同的不育系和恢复系杂交后形成的第一代杂交种。大面积推广的杂交水稻主要是利用水稻雄性不育系作为遗传工具。
中国是世界上第一个成功研发和推广杂交水稻的国家。杂交水稻具有个体高度杂合性，杂种后代出现性状分离，故需年年制种。和杂交水稻相对应的是常规水稻。
