食用菌产后废弃物含有丰富的蛋白质、多糖、维生素和多种植物营养源，科学处理将成为二次种菇的很好原料或生物有机肥或饲料。但是，食用菌生长的过程中也有多种其他生物的侵染，随着食用菌生长周期的延长，这些有害生物种群在基质中不断增加。特别是当栽培结束时，菌体的抗性大幅下降，这些有害生物的繁殖更为迅速，产后废料如果不及时妥善处理，将会为以后的生产带来极大的隐患，轻则造成环境污染，影响以后种菇的产量和质量，重则导致病虫害大量蔓延与为害，造成严重减产甚至绝收。
很多食用菌产后废料都可以再利用，进行二次种菇，这样可以有效地降低原料成本，获得更好的经济效益。如草菇、平菇、香菇、木耳、双孢蘑菇等废料，只要菌丝生长较好，培养料未被杂菌污染，可晒干粉碎后添加30％到新料中种鸡腿菇。风干粉碎可成为菌糠，10％～20％加入到饲料中，喂食牛、羊等反刍动物。
将那些菌丝生长洁白、未被污染的草本废料晒干后粉碎，添加10％到饲料中，是猪、鸡、鸭、鹅等畜禽的优质饲料，可降低养殖成本，提高效益。
种菇后的各种原料是一种优质的有机菌肥。在我国部分地区已经建成菌糠生物有机肥厂，以食用菌菌糠为原料生产有机菌肥。农户也可利用菌糠自行发酵制作菌肥，即将菌棒粉碎后加水堆积发酵，冬季发酵60～90天，夏季发酵30天，如与禽畜粪便混合发酵则效果更佳。对果园施用食用菌菌糠发酵肥料，可起到改良果园土壤、提高水果品质、增产增收的效果。而且肥效持久，经济实惠。也可用作棉花花蕾肥，甘薯、洋芋的基肥，能显著提高产量。在花卉种植中，把种菇后的废料与肥土混合后堆积自然发酵，用来作为花卉苗圃、盆栽的基肥，对花卉的土壤结构、通气性、保水持水能力等均有改善。
此外，出菇后的菌棒还可作为菇棚的加温燃料以及灭菌燃料。
