1.实行轮作倒茬
辣椒应与其它非茄科作物，尤其是大蒜、韭菜、十字花科、禾本科作物等轮作，也可以与水生作物轮作。
2.使用有机肥
有机肥有疏松土壤，改善土壤理化性状，提供和缓慢释放全营养的作用。有机肥除人粪尿和家禽牲畜粪外，还可用多浆的作物秸秆沤肥，加入微生物秸秆腐熟剂，制成高效有机肥，以扩大有机肥的肥源。
3.深耕土地
深耕也是解决连作障碍的方法之一，它可以改良土壤的通透性和团粒结构，使土壤养分便于释放供作物利用。
4.施生物磷钾肥
据1994年试验，生物磷钾肥能分解释放土壤中被固定的磷、钾等营养元素，促进线辣椒植株生长发育，提高辣椒抗性，增大果实长度、粗度，而又无多余的有害离子残留于土壤。
5.使用专用重茬剂
在采取上述措施的基础上，使用专用重茬剂（如西瓜重茬剂1、2号）可以杀死土壤中残留的病菌。
