枯萎病是西瓜的主要病害，发病比较普遍，尤其重茬地发生严重，常赞成严重减产，枯萎病的防治应采取综合防治措施。
轮作及清洁瓜田西反枯萎病病菌在土壤中可存活10年以上，所以，瓜田应避免重茬。应与非瓜类作物轮作，轮作年限越长，效果越好。一般需轮作4～5年以上。反田应保持清洁，发现重病株应及时清除，带出田间深埋，不能随意乱丢。病株穴用50%代森铵水剂400倍液或2%新鲜石灰乳浇注进行土壤消毒，一般每平方米浇注3～5公斤。西瓜收获之后，应将瓜秧集中烧毁，不应沤制肥料，如果沤制肥料，其肥料不能用于瓜田。
种子消毒55摄氏度温水浸种15分钟。
土壤消毒播种前用40%五氯硝基苯可湿性粉剂1份，兑细干土200倍掺匀成药土，将1/3药土施入播种穴穴底，然后播种，播种后将其余2/3药土施入播种穴穴底，然后播种，播种后将其余2/3药土覆到种子上。如果育苗移栽，育苗土应选多年未种过瓜类作物的土壤。
应用嫁接技术以瓠瓜、黑籽南瓜、葫芦、冬瓜等作砧木，采取插接、劈接、靠接等方法进行嫁接育苗，对防治枯萎病效果十分明显，尤其在重茬地效果更为突出。
加强肥水管理多施充分腐熟的有机肥料，避免大量施用化肥，并注意氮、磷、钾及微量元素锌、硼等配合施用。控制浇水，防止大水漫灌。
药剂防治注意田间发病情况，如有病株出现，全田进行药液灌根。常用药剂有助剂1号400倍液，“农抗120”100～150ppm，10%双效灵水剂200倍液，25%苯莱特500～1000倍液，70%甲基托布津可湿性粉剂500～800倍液，70%敌克松可湿性粉剂1000～1500倍液，50%代森铵800～1000倍液。每株用药液200～250毫升，每7天左右灌1次，连续灌2～3次。对刚发病的轻病株，可用70%敌克松与面粉按1:20的比例加水调成糊状，涂于病株茎蔓基部。
