首先，番茄侧枝不能疏除过早。当植株的叶片没有完全覆盖地面时，切不可过早疏除侧枝，以充分利用侧枝制造的营养，当侧枝长到5厘米左右时再疏除即可。对于西红柿每穗花下部的第一侧枝，应在其长到3厘米左右时疏除。防止萌发侧枝的叶腋处的叶片及茎秆过嫩，造成的伤害较大，不利于伤口的愈合。
其次，番茄侧枝疏除不能过晚。当番茄的侧枝长到5厘米以上时，就会与主枝剧烈地争夺养分，并且长势也会逐渐超过主枝，所以番茄侧枝不可过晚疏除。如果侧枝疏除过晚，还会造成侧枝的韧皮部老化，侧枝与主枝的韧皮部连接过紧，在疏枝时容易将主枝的表皮弄破，且侧枝不容易疏除。
因此，番茄在疏枝时，一定要当侧枝长到5厘米左右时及时疏除，并且不能留桩，必须将侧枝全部疏除，以防从同一叶腋处再次萌发侧枝，结合疏除侧枝及时喷施护树将军杀菌消毒，减少病菌源。
