因为如果种子不纯，长出来的水稻高高矮矮，大大小小，收成就会很少。假如育种母系它的雄性可孕，那么水稻除了来自其它水稻的花粉还有来自自己品种的花粉，这样不但有杂交的种子，还有自己的品种，收获的是两个品种混在一起的种子——杂交的有，自己的也有，这不能用。杂交水稻需要的就是杂交过程不需要遗传性，所以选择雄性不育株。
杂交水稻的优点：根多，根粗又长，根扎得深，分布广。因此，吸收能力强。植株地上部分与地下部分的生长、营养积累和运转都比较协调，茎秆粗壮，耐旱抗倒伏，不早衰，再生力较强。
杂交水稻由于根系强大，使地上部分茎秆粗壮，分蘖能力强，再生能力亦强，同时，叶色浓绿，叶片宽厚，叶面积较大，所以光合作用制造的养分多。而且光呼吸较低，因而消耗少积累的物质多。苗期较耐低温，分蘖早而快，有利于培育多蘖壮秧。
杂交水稻穗大粒多，常规水稻一般每穗实粒数在80粒左右，而杂交水稻一般每穗在150粒左右。适应性广。杂交水稻在长江流域稻区，可作中稻种植，也可作双季晚稻种植，在华南地区，还可作栽培双季杂交水稻。不论山区，丘陵区，或平原地区，也不论肥田，瘦田、深泥脚田或是浅泥脚田，种植杂交水稻都能增产。
