结合冬剪，将树上枯死枝条、干橛、小僵果等枯死部位清理干净，携出园外处理，对减少病菌在树体上的宿存部位、减少菌源数量的作用不容忽视。
苹果树萌芽前，结合其他病虫害防治，对全树连同树下地面仔细喷1次25%丙环唑乳油3000倍液或40%氟硅唑6000～8000倍或70％甲基托布津1000倍液清园，此措施对在果园内越冬的病原菌有一定的杀伤作用。
花前花后用药
霉心病的侵染主要在开花前后，为了将发病率控制在2%以下，防治霉心病必须重点抓好开花前后的四次喷药：
第一次：花芽膨大至露绿期，大致时间在3月下旬，可选择渗透性、治疗性较好的杀菌剂，如：氟硅唑(福星、新星、诺星)、丙环唑(金力士、敌力脱)、苯醚甲环唑(世高、代世高、恶醚唑)、腈菌唑(喷生、富星)、多菌灵等，这样也可较好地防治枝干腐烂病。
第二次：花序分离至铃铛花期，时间在4月上旬。这次喷药依天气情况而定。如第一次喷药后天气较好，雨水较多，可选用代森锰锌类(大生、喷克、新万生)保护性杀菌剂或多抗霉素、益微等抗生素；如此期间雨水较多，则应选择前面提到的治疗性杀菌剂。
第三次：落瓣期是防治霉心病的关键时期，即盛花过后1～2天到落花期。大致时间在4月中下旬。这次喷药可选用1.5%多抗霉素300倍或3%多抗霉素600倍或10%多抗霉素1000～1500倍。
第四次：花后2～3周，大致时间在5月上旬。这次喷药可依天气情况从上述杀菌剂中任选一种，如喷药后进行苹果套袋，则应选择甲托、福星、世高等内吸性杀菌剂。
结合其他病虫害进行防治
在花后幼果期、套袋前也需用药防治。
幼果期是防治霉心病的关键时期，应在苹果落花后10天选择内吸性杀菌剂，结合防治苹果轮纹病、炭疽病，喷洒430克/升戊唑醇悬浮剂4000～5000倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂3000～4000倍液，70%乙磷铝·锰锌可湿性粉剂1000倍液。
严格挑选贮藏果、严控贮藏温度
对贮藏运输的果实应严格剔除病果、残次受伤果。贮存时采取低温贮藏，保持库内温度在1℃～3℃，可基本控制病菌生长蔓延，避免采后心腐果的形成；同时还要定期检查，合理安排果品贮存和出库计划，分次分批上市销售，以减少损失。
