芸豆天生娇贵，耐药性差，尤其是在花期，极易造成药害。故此，不少菜农在芸豆用药防病虫上显得很谨慎。
总结而言，芸豆在花期应忌用含嘧霉胺、代森锰锌、炭疽福美、乙霉威、辛硫磷等成分的药剂，铜制剂也应减少使用。芸豆花期对农药较敏感，喷用此类药剂不仅会造成叶片发黄，严重时还会造成落花落荚，其中以嘧霉胺对芸豆开花影响最大。因此，芸豆在花期用药时，要注意避免选择含有上述成分的药剂。另外，在用药时，还应注意药液浓度配比要科学合理，一般花期应停止喷药，以免发生药害，导致芸豆落花落荚发生。
像灰霉病等是造成芸豆烂花烂荚的主要病害，要提高芸豆产量就必须要防好。灰霉病多从残花开始侵染，防治灰霉病的关键就在花上。可通过晃动植株将芸豆的残花除去，消除病菌侵染发病的条件，是豆类蔬菜防治灰霉病的首要措施。同时还要及时去除底部老叶、病叶，加强通风，不给灰霉病创造有利的发病条件。
由于芸豆耐药性差，在药剂防治灰霉病时，要充分考虑到它对药剂的敏感程度。要科学选择用药方法，喷雾、烟熏等结合进行。在进行烟熏时，可用速克灵、菌核净加新高脂膜进行防治等，但要注意熏棚时间不能超过8小时，亩用量不要超过200克，以防用药时间过长或用药过重，造成芸豆叶片发黄。喷雾时，可选用扑海因、速克灵加新高脂膜等则要选择雾化程度好的喷头，均匀喷雾，以免农药积累产生药害。
