主要危害根系。根部染病，发病初始在侧根生长处产生水渍状斑，扩大后病部表皮呈紫色至黑褐色，似辐射状条纹大斑，病、健分界不明显，使肉质根病部开裂，稍缢缩，并向内部扩展，侵染肉质根内部组织，使内部组织变硬。
该病由真菌鞭毛菌亚门萝卜丝囊霉菌Aphanomycesraphani侵染所致，病菌以藏卵器和菌丝体在土壤中越冬。来年环境条件适宜时，特别是土壤中水分充足时，产生的孢子囊释放大量游动孢子，通过雨水反溅或灌溉水的传播，从根部的表皮直接侵入，引起初次浸染。经潜育发病后，在受害的部位产生新生代游动孢子，进行多次再侵染，加重危害。
病菌喜温暖潮湿的环境，适宜发病的温度范围10～30℃；最适发病环境为土温20℃左右，较高的土壤含水量；最适感病生育期为根茎膨大期，发病潜育期10～20天。
浙江及长江中下游地区萝卜黑根病的主要发病盛期，春季在4～6月，秋季在9～11月；年内秋季发病重于春季；年度间早春多雨或梅雨期间多雨的年份发病重；秋季多雨的年份发病重；田块间连作地、地势低洼、排水不良、土质黏性田块发病较重。
①茬口轮作：发病地块实行2年以上轮作，收获后及时清除病残体，深翻土壤，减少越冬病菌。
②加强田间管理：特别加强苗期管理，提倡高畦松土深沟栽培，适时播种，适当密植，注意通风透光，合理施肥，不大水漫灌，雨后及时排水，降低地下水位。
③化学防治：在发病初期开始用药液灌根，每株浇灌药液量250克左右，每隔7～10天浇灌1次，共用药1～2次；药剂可选用72.2%普力克水剂600倍液，或72.2%霜霉威水剂600倍液，或47%加瑞农可湿性粉剂800倍液等。
