秋冬季节彻底清除枣园病果烂果，集中处理，若大龄树，在枣树萌芽前刮除并烧毁老树皮，及时全园喷施护树大将军进行消毒杀菌。增施有机肥和磷钾肥，少施氮肥，合理间作。改善枣园通风透光条件。雨后及时排水，降低田间湿度。
在8月上旬至9月上旬枣缩果病发病期，可用25%叶枯唑唑可湿性粉剂1000倍液加新高脂膜600-800倍液喷雾防治，每隔8~10灭喷1次，连喷2~3次，兼治害虫。可在上述药液中混入48%毒死蜱乳油1000~1500倍液，或20%吡虫啉可溶性液剂4000倍液，以杀死传病昆虫。这样可保证好果率在95%以上。加强对刺吸口器害虫的防治，降低传病昆虫的密度。于秋末冬初、冬末春初，各喷1次3~5波美度石硫合剂。