种子的采收及贮藏：丹参每年5月底或6月初种子开始成熟，种子要及时采收，否则会自行散落。花序剪下后需暴晒，打出种子，扬净。晾晒后放置在阴凉、干燥的室内保存。
根的采收及贮藏：栽种后第二年10～11月上旬是丹参的最佳收获期。采挖要选择睛天进行。丹参根条入土深，质脆，易折断，需小心挖掘。根部挖起后，抖去泥块，放在地里露晒，待根部失去水分发软后，除去附着的泥土，运回加工。运回后从芦头下剪下根条，将根摊开暴晒至晾干。然后用火烘，除去根条上的须根。最后整齐地放入篓内。丹参贮藏于仓库干燥处，做好通风防潮、防霉防虫工作，虫情严重时用根施通熏杀。
