软腐病菌腐生性强，到处都有分布，极难清除，因而在防治上应采取措施，防止薯块遭受冷害和破伤，增强薯块抗病能力，杜绝病菌侵染途径。具体措施：
清洁薯窖，消毒灭菌。旧窖要打扫干净，然后用硫磺熏蒸。
适时收获,适时入窖，避免霜害，防止薯块受到冷害。在收获贮藏过程中要尽量减少薯块破伤，确保甘薯具有良好的贮藏品质，为安全贮藏奠定基础。
科学管理：在贮藏初期（入窖10一28天）打开窖门换气，待窖内薯堆温度降至12～14℃时把窖门关上；贮藏中期（12月至翌年2月）注意保温防冻，窖温保持在10－14℃，不要低于10℃。贮藏后期：从3月份起要经常检查窖温，及时放风或关门，使窖温保持在10－14℃。
采用大屋窖贮藏方式的可结合防治黑斑病进行高温愈合处理。
