椒沤根主要表现在苗床或者定植后，表面呈锈褐色，后逐渐腐烂，新根不发，导致地上茎叶变黄，植株萎蔫而死，属于一种生理病害。主要原因是浇水过多、通风不够、地温长期低于12℃、土壤通气不良，持续雨天引发的。
管理上对症下药，加强苗床温度管理，有条件的采用温床育苗，注意加大通风量，减少棚内湿度。注意畦面整平，严禁大水漫灌，浇后及时中耕，避免过早过深地进行根际培土。避免用农药进行大量喷洒，及时划锄松土，以提高地温，增强土壤透性，否则会加重沤根。有轻微沤根时可用护树大将军+根施通灌根，抑制辣椒根部病毒传导式感染及叶片和果实，保养植株输导系统健康工作。
