1、加强检疫，建立无病苗圃，培育无病苗木。各地引种和贮运苗木时，应严格做好检疫工作，防止病菌扩散蔓延。同时在当地要建立无病苗圃，不断培育抗性好、品质良的优良品种。
2、农业防治措施。加强栽培管理，合理密植，合理施肥，每生产250kg鲜果，需要N肥5kg、P肥0.5kg、K肥6.25kg，这样既保产又防治咖啡早衰，同时还能提高植株抗病力。
此外，咖啡园应适当种植荫蔽树，如荔枝、芒果、橡胶等，可改变园内小气候和土壤环境，同时减弱光合量使咖啡有节制地结果，保持咖啡树的正常生势，从而增强对锈病的抵抗力。
3、化学防治。铜制剂对咖啡锈病防效较好，还能促进咖啡生长，增加产量。采用0.5％－1％等量式波尔多液+新高脂膜800倍液在流行期喷施2－3次，每隔7－10天喷1次；用0.1％CuS04溶液+新高脂膜800倍液喷雾。
