优先采用高压蒸汽灭菌法、常压间歇灭菌法、巴氏灭菌法以及紫外线灯灭菌法等物理手段消毒，化学消毒优先使用碱类、酚类药物，避免使用重金属盐类等消毒剂。
处理好原料
双孢菇培养料一定要避免受潮霉变或滋生害虫，下面要垫塑料薄膜或用毛毡防潮，上面要遮盖好防雨淋或杂物落入。鸡粪、牛马粪、米糠、麸皮、饼料等易生霉菌，应密封储藏。培养料要经过高温消毒或发酵腐熟，坚持搞好二次发酵。覆土材料必须经蒸汽或福尔马林消毒。
调整水量和酸碱度
水分要适当，酸碱度要适宜，并随时检测调整。菇房要随时保持良好通风，空气相对湿度不宜超过95%。
妥善保管培养基
出锅的料瓶或灭菌过的培养基应加以保护，防止二次污染，要加盖纱布或薄膜，入箱熏蒸还要用新洁尔灭等药水擦洗，防止尘埃污染。
严格操作规程
接种工作技术性强，一定要耐心细致，切记碰擦粘带。对一切用具以及容器，能洗的要洗干净，能熏蒸的要熏蒸，能擦酒精的要擦酒精，能用酒精灯火焰烧的用火焰烧。
采用物理方法防治病虫害
如用黑光灯诱杀蚊蝇等，培养料充分发酵杀死线虫和瘿蚊，除去腐变的部位，用石灰水消毒。改善环境，调整温度、湿度、pH值。
严禁使用有剧毒的农药
不使用有机汞制剂或有机磷制剂以及残存时间长，又不易分解的农药，优先使用植物性杀虫剂，如除虫菊、鱼藤、烟草浸出液以及微生物杀虫剂（如苏云杆菌和白僵菌）等。
