合理轮作。在同一块地里，不宜连茬种植小葱，一般应一年一换。如缺少轮作条件，也应在发生锈病后，不要再继续种植。
移栽前要施足基肥。小葱田可施腐熟猪粪或氮磷钾复合肥+植物电子肥，并在翻熟耙匀后，再移栽幼葱，移栽后及时喷施新高脂膜可有效防止地上水分不蒸发，苗体水分不蒸腾，隔绝病虫害，缩短缓苗期。
提高葱株抗病能力。除了做好抗旱，降渍等田间管理工作外，在春秋季易发病期，还应施碳酸氢铵，以促进小葱生长，抵抗病害。
及时药物防治。在春秋季，特别是在遇到连续阴雨2-3天，要及时检查小葱锈病的发生情况，如果发现葱叶上有褐绿斑点就要立即打药，一般可用25％三唑酮乳油3000倍液+植物细胞免疫因子喷施，在第一次施药后，隔7-10天需再防治一次，以提高防治效果。
