按照“测、配、产、供、施”一体化服务的原则，开展测土配方施肥必须达到如下五项基本要求：一是健全和稳定各级土肥队伍，培训各级专业技术人员；二是完善建立县级土样常规分析化验室、地市级微量元素分析化验室、省级植株诊断分析化验室和标准化样板化验室，进行分工协作，搞好全省测土配方工作中的样品测试；三是设立和完善田间地力监测和肥效试验基地，摸索各种土壤、环境，不同作物的合理施肥比例和数量；四是建立区域示范性测土配肥站，有针对性供应配方肥料；五是搞好各作物不同生产环节的施肥指导，包括施肥方案制定，逐级技术培训宣传，举办样板，开展生产环节田间施肥技术指导。
运行的基本模式为：根据“测土配方施肥技术规程”有关取样原则，制定样品采集方案，专业队伍按要求取样。省、市、县根据分工与合作，各自按照自身优势对样品进行定项化验，然后将样品测试结果及有关基本情况调查结果输入计算机专家系统，专家系统处理后输出取样田块当季作物的施肥意见，技术人员根据当地农民常年施肥习惯制定出施肥方案。施肥方案可以交给配方肥生产的定点企业，按时按要求向农民定点供应配方肥料，也可以通过招投标方式，按照公平竞争择优选用的原则，招标确定配方肥生产的定点企业。同时配方肥生产的定点企业要建立自己的配售网或连锁经营，确保配方肥能近距离给农民，减少中间环节，降低农民投入成本。配方肥生产，供应到农民手上的同时，还要及时搞好技术培训，指导农民认识配方肥，有效使用配方肥，达到配方肥应有的增产效果。在这整个取土、测样调查、配方、生产、供应及指导用肥过程中，还要加强试验示范的引导，搞好肥效试验、肥料校正试验、配方肥应用对比示范等辅助性工作，以提高测土配方施肥的针对性和有效性，促进测土配方施肥技术的普及、应用。