科学施足基肥棉花的生育期长，要获得高产，必须合理施足基肥。基肥要以农家肥为主，农家肥养分全，能改良土壤，可源源不断地供应棉花所需养分。改变当前多数棉田不施农家肥的做法，要达到亩施农家肥3000公斤左右。减少氮、磷化肥的用量，由目前亩施尿素25公斤减至尿素12公斤，亩施过磷酸钙由50公斤减至25公斤。改变不施钾肥的习惯，达到亩施氯化钾10~15公斤。将上述肥料结合整地，深施15厘米以下。山东省潍坊地区，两年21点次的棉花基肥试验，减氮、磷肥，增钾肥的效果显著：亩施棉花专用肥50公斤做基肥，与习惯亩施尿素25公斤、过磷酸钙50公斤的为对照。结果使用棉花专用肥的，平均比对照单株多结铃0.81个、单铃重高0.28克，亩增7.2公斤，增产8.4％，亩增收86.9元。
早施提苗肥多数抗虫棉的种皮较厚，发芽出苗慢，苗期长势弱，加之春季气温低，晚霜时常发生，严重影响棉苗生长。为了促苗健壮生长，要适当早追提苗肥，由非抗虫棉的4~5叶期提早到3~4片叶追施。亩追尿素5~6公斤，施在距苗10厘米、深10厘米处，随施肥，随覆土，防止肥料流失和损伤棉苗。北方棉区，棉花苗期十年九旱，采用化肥兑水穴施方法良好。
稳施蕾肥蕾期是棉花由营养生长转入了营养生长与生殖生长并进期，需肥比苗期显著增加。但这时的气温较高，棉苗根系比较发达，吸收力增强，若氮肥施用过多，易发生徒长，导致花蕾脱落，所以蕾肥要稳施。抗虫棉现蕾多而快，花蕾脱落少，蕾期需肥比非抗虫棉多，若肥料供应不足，会抑制营养生长，影响搭丰产架子。现蕾初期，亩追施尿素5~8公斤，施在距苗20厘米、深10厘米以下，覆土盖严，防止流失。
重施花铃肥花铃期是棉花一生中生长发育最旺盛、需肥最多的时期，也是决定产量高低的关键时期。抗虫棉开花结铃快而集中，需肥量上升迅猛，需肥高峰期提前，如果施肥跟不上，易引起早衰。但花铃期正处高温多雨季节，如果一次施肥过多，极易引起棉花徒长，造成蕾铃大量脱落。因此，为了满足棉株不断开花结铃的需求，花铃肥宜改过去的一次集中追施为两次追施，用量应比非抗虫棉适当增加。山东省平度市棉种场试验，花铃期施钾肥效果显著，初花期亩追尿素12公斤和硫酸钾10公斤的，比单追尿素20公斤的，棉株不早衰，单株结铃多1.2个，单铃重增加0.1克，亩增皮棉7.3公斤，增产6.1％。第一次花铃肥宜在初花期施，亩追尿素15~20公斤，钾肥6~10公斤。在7月底到8月初，追施第二次花铃肥，氮肥用量不宜过多，防止引起贪青晚熟，一般亩施尿素5~7公斤为宜。
补施盖顶肥棉株后期根系活力减弱，吸收能力下降，抗虫棉易发红叶茎枯病。及时追施盖顶肥，是增加早秋桃、预防早衰的有效措施。盖顶肥采用叶面喷施，简便易行，效果好。笔者经多年试验：在8月中下旬，每亩每次喷施0.3％磷酸二氢钾溶液50公斤，7天一次，喷施3次的比不喷施的，单株铃增加1.2个，单铃重提高0.12克，增产5.6％，亩增收46元。可喷施0.3％磷酸二氢钾溶液，或1％尿素与2％过磷酸钙混合液，每周一次，喷施2~3次。
