烟草病害是威胁烟叶生产的主要灾害，在烟草生长中，随时可能遭受病害的侵染。因而，及时有效地防治是夺取烤烟优质、丰产、高效的重要措施。
一、烟草普通花叶病
1.症状幼苗期均有发生。普通花叶病田间发生的症状主要有两类：轻型花叶，全部或仅叶尖处，沿叶脉部分叶肉颜色变黄，明脉，随后深浅部分各自扩大，形成杂斑，与健叶区别不明显。重型花叶，病叶颜色不匀，黄绿相间，薄厚不均，形成泡斑畸形，烟株矮化，生长迟缓，有时顶部2-3片叶常表现面积坏死。花变形，果实小而皱缩，种子发芽率低。
2.病原与侵染普通花叶病病原为烟草花叶病毒，简称tmv，是一种侵染能力极强的病毒。健叶与病叶只要摩擦一下，即可传染。病毒在土壤、肥料和种子中混杂的病株残体上越冬，在苗期感染，造成大田发病的传染来源是在苗床期已带病的病苗，或土壤中残存的病毒，或其他带病的寄主植物。风、人、畜及杂草等也是传播的媒介。普通花叶病发生的轻重与品种、施肥、栽烟时间等有关系。
3.发病条件气温28-32℃时发病最重，3-7月干旱有利于病害发生。移栽后前期生长缓慢时发病重。适期早栽有利于烟株根系发育，生长快，生活力强，发病较轻。前茬或套种油菜、马铃薯、萝卜的烟田发病重。土壤肥力并差，土层浅薄、板结、粘重，排水不良等情况下，烟株生长较弱，发病重。
4.防治方法①选用抗病品种。②培育壮苗，及早栽烟，拔出病株，打尖芽时健、病株分开进行，氮、磷、钾肥料配合比例1：1：2或1：1：3，以提高抗病力。③注意田间卫生。作业时要物用肥皂和浓磷酸盐去垢剂洗手，禁止吸烟。④清除田间杂草，彻底防治烟芽虫。⑤在大田后期发现病株及时追施速效肥料，促使生长。⑥可用牛奶叶面喷施，常采用0.1%硫酸锌或0.1%铜元素、83增抗剂100倍液及植物病毒抑制素片。⑦实行3年以上轮作，不与茄科和瓜类植物间作或轮作。
二、烟草赤星病
1.症状赤星病在苗期和大田都有发生。一般发病先从烟株下部开始，然后向上部发展。主要发生在打顶以后，烟叶成熟期。最初在叶片上出现黄褐色圆形小斑点，以后扩大。空气潮湿时，病斑直径可渐次扩大到1.5一2.5厘米，发病组织变成褐色。病斑有明显的空心轮纹边缘明显，外围有黄色晕圈。严重时，病斑互相融合穿孔开裂，整个叶片枯焦脱落形成穿孔。茎部和叶主脉上有时可见深褐色近椭圆形凹陷病斑。
2.病原与侵染赤星病是一种真菌性病害，病斑上的黑色霉状物，就是赤星病的分生孢子和分生孢子梗。分生孢子可借风雨等传播，进行再侵染。病菌随病株残体在土壤中越冬，这是每年初次侵染的主要来源。病菌可以通过气孔和微伤口入侵。发病时间主要在7月下旬至8月下旬。烟田管理不善，追肥过晚，氮肥过多，密度过大，烘烤不及时，大量种植感病品种等都会加重发病。
3.发病条件孢子萌发最适宜温度为25-30℃，孢子没有休眠期，要求相对湿度85%以上，最好是叶片表面有一薄层水膜。一般在18℃下，8小时可完成入侵。夜间在12-20℃下，烟叶上保持12小时露水时，虽然无雨，也适于孢子萌发入侵。
4.防治方法①改善栽培技术。注意轮作换茬，合理密植，及时采收底叶。避免氮肥施用过多、过晚，增施磷、钾肥，可减轻病害的发生。②选用抗耐病品种，可选用nc88，k326，g28等品种。③选好苗床地和栽烟田，彻底清除田间病株、病叶，减少初侵染病原。④加强病害测报，不失良机地指导，防止病害发生。⑤药剂防治。在田间发病初期（最好在团棵期后），常用50%退菌特500倍液或代森锌500-800倍液，每隔7-8天喷1次，共喷2-3次。也可用40%菌核净500倍液，多抗霉素（1496）200万单位喷雾，适当加入少量洗衣粉作为展布剂。还可用80%大生600倍液，50%扑海因1500倍液，75%百菌清1000倍液，50%多菌灵500倍液等。
三、气候性斑点病
1.症状烟草气候性斑点病首先在接近长成的中下部叶片上出现，在叶片正面开始为许多密集的不规则的水溃状小斑点，直径为1-3毫米。严重时布潢整个叶面。正在伸展的叶片，病斑多在叶尖部分，数小时内则变成深褐色，常在48小时内变成灰色或白色，中心坏死，边缘失绿。有时中上部叶片全部出现斑点而下部叶则无症状。感病叶面呈现大面积枯死、穿孔，严重时只剩主脉和支脉。一般幼嫩和过熟叶片病轻，而接近生理成熟的叶片病重。
2.发病规律气候性斑点病属非侵染病害，是由大气中臭氧（o3）毒辣害所致。该病常发生在最适于烟草叶片快速生长和成熟的阶段。土壤温度和降雨很可能是影响发病的重要因素。当移栽4-6周后（即5月至6月中旬），烟株长时间处在低温多雨、日照不足的气候条件下，气温回升后易感此病的品种，很快会出现一次发病高峰。阴雨连绵时发病最重，天气干旱时很少出现病害。另据资料报道，土壤湿度高，磷肥不足，或在低温下氮肥增加，密度过大时，也容易发病。
3.发病条件烟草气候性斑点病严重程度取决于臭氧的浓度和持续时间、栽培条件，特别是湿度、氮素水平和大田密度、叶龄和发育阶段、烟草品种或品系、空气污染和其他病原物的相互作用等。臭氧和三氧化硫混合作用时，会加重气候斑点病的为害。
4.防治方法①栽培防病。种植抗病品种，如g70，f200，f221，麦克944，nc-89等。
以上品种耐臭氧性较强，各地可根据常年发病情况选择试种。合理施肥，增施磷钾肥，适时中耕，促使烟株健壮发育，提高抗病性。②药剂防治，控制大气污染。药剂有抗臭氧剂，如活性碳、三甲基喹林、代林锌、代森锰锌等，都能减轻为害。70%甲基托布津500-1000倍液灌根也有较好的效果。用气孔关闭剂醋酸二笨汞溶液诱导气孔关闭，可减少臭氧对烟叶的伤害。抗坏血酸、氧化萎锈灵300毫克/公斤，喷于叶片上，可以保护烟株免受臭氧的为害。