保护地生产由于连作重茬、不合理灌溉、重施无机肥及超量施用农药等原因，造成土壤养分失衡、硝酸盐积累、土壤盐渍化、酸化明显、微生物种群受损、农药残留等，从而使蔬菜产量下降，品质恶化，严重危及到人们的身体健康。因此，保护地土壤改良成为可持续农业发展的一种必然选择。改良的主要对策是：
一、科学、合理使用化肥。
根据农作物的目标产量和土壤养分的测定值，确定施肥量、施肥种类、施肥时期等，这样有利于土壤养分的平衡供应，以避免盲目施肥，减少浪费，减少对环境的污染；化肥应与有机肥合理混用，在肥效上达到互补，提高肥料利用率，改善土壤结构，防止土壤板结；由于微生物肥料具有无污染、提高作物品质、改良土壤、增加土壤肥力等优点，应大力推广和施用，从而减少对化肥的需用量；施用长效氮肥和氮抑制剂。长效氮肥由于供氮比较缓慢，不会造成土壤中无机氮素的快速升高，使施氮周期符合作物需肥规律，尤其在蔬菜作物上可大大降低硝酸盐的累积和施用次数，经济效益显著。氮抑制剂是一种可使有效氮缓慢释放的化学品，如氮吡啉、双氢胺等，可显著减少蔬菜中硝酸盐含量，从而改善其品质。
二、施用土壤调理剂和新型植物生长素，以减少农药用量。
农药在作物体内残留问题，已引起人们的高度重视。减少农药用量，首先选择施用免深耕土壤调理剂。该剂是一种生物化学制剂，对作物无毒、无副作用，可打破土壤板结、疏松土壤、提高土壤透气性、促进土壤微生物活性、增强土壤肥水渗透力、减少病虫害发生，从而减少农药的用量。在保护地蔬菜生产的中、后期，由于大水漫灌、人工踩踏等原因而发生土壤板结，极不利于根系对水分、营养的吸收。因此，该调理剂尤其适用于保护地蔬菜生产。其次施用一些新型植物生长素来增加作物的抗逆、抗病性能，从而减少农药在土壤中的残留，以达到改善作物品质的目的。
三、推广应用对环境安全的可降解农用地膜，减少农田残膜的污染。
自觉清除农田残膜，把收集到的废膜统一进行合理的回收利用，同时减少有毒农膜的购买使用，可用黑色药膜或黑色可降解膜。
四、改进灌溉技术，采用微灌工程合理灌溉。
目前微灌形式有滴灌、渗灌、微喷和涌泉灌4种。在保护地生产中，应根据不同作物选择与之适应的微灌方式。
五、施用充分腐熟的有机肥，并进一步增大有机肥用量。
未腐熟或腐熟不够的有机肥，由于碳氮比(C/N)过高，土壤微生物难以分解，作物很难利用，而且新鲜的禽畜粪含盐较高，作物不但不吸收，还容易加剧地下害虫的为害。腐熟的有机肥是一种养分较齐全的肥料，大量施用可改善土壤的理化性状，具有改良土壤、培肥地力的作用，有益保护地蔬菜生产。
