棉花苗期病害有立枯病、猝倒病、炭疽病、红腐病、棉疫病等；
一、苗期病害种类
1、立枯病：俗称黑根、烂根、腰折病。发病时可以造成烂种、烂芽，棉苗接近地面的幼茎基部受害出现黄褐色病斑，逐渐扩大凹陷、腐烂，严重的扩展到茎的四周，凹陷，颜色黑褐，棉苗枯死。此病主要由土壤、种子传染，发病的适温在16—25℃以下，在阴雨多湿的春季低温的年份及粘性土壤和排水不良的低洼地发病重。
2、猝倒病：受害幼茎出土后，接近地面部分现湿润状，以后扩展变黄腐烂，似经热水烫状软化，迅速软烂倒伏。
3、炭疽病：俗称烂根病。当棉籽胚芽破壳时被害，下胚轴和幼根变褐腐烂，轻者克出土；幼苗出土后常在幼茎基部出现红褐色小斑，后成紫褐色略凹陷的短条斑，边缘红褐色，重者失水纵裂，幼苗枯死。
4、红腐病：俗称烂根病。出土前棉苗发病幼芽变赤褐色腐烂；出土的棉苗根部受害，先从根尖及侧根变黄，后变褐色腐烂；幼茎受害后导管呈暗褐色，幼茎基部有黄色条斑，后变褐腐烂。
5、棉疫病：疫病为害子叶、幼嫩真叶、幼茎、幼根等。子叶上的症状多从叶缘开始，初为暗绿色水渍状小斑，后渐扩大，严重发病的子叶枯黄脱落；幼茎及茎感病初呈红黄色条斑，发展围绕茎基和根部，幼苗干萎枯死。
防治苗期病害方法：
1.精选种子：剔除病籽、虫籽、成熟度差的瘪籽、小籽、杂籽等，粒选饱满健壮棉籽播种；在播前进行晒种，提高棉籽生活力，增强抗逆力。
2.春棉育苗时，在种子点播后覆土前用3%的广枯灵乳油20-30毫升加使百克15-30毫升，喷6000-10000个营养钵，或3%广枯灵25毫升加施特灵25毫升兑水15公斤喷苗床，喷后浅履土1厘米左右。
3.药剂处理：使用药剂处理种子，可消灭种子上携带及种子周围土壤内的病菌，保护棉苗安全出土。药剂种类可用50%多菌灵按有效成分0.5%用量与棉种拌合，也可用70%甲基托布津、25%多菌灵加15%福美双以种子重量1%拌种，可兼治多种棉苗根病。病害始发期用用40%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷棉苗2—3次。
4.苗期要中耕松土，破坏土壤板结层，这样不但可提高地温，减轻苗期病害发生，特别是雨后通过中耕来疏松土壤，促根下扎，提高地温、降低湿度，创造棉苗正常发育的环境条件显得尤为重要。
