日光温室一年四季连年生产，室内温度高、湿度大，土壤中病原菌较多，白粉虱、蚜虫、根结线虫等害虫发生也较重。如使用年久，不消毒，更有利于病虫害的发生，带来严重的经济损失。消毒方法如下：
一、水淹灌法在夏季休闲季节灌大水淹灌，能降低病原菌和地下害虫密度，也可降低土壤盐类浓度。
二、太阳能消毒法夏季高温季节，每1000平方米温室用炸碎的稻草或麦糠1-2吨和100公斤石灰，撒施入室内。翻入土内起垄，沟中灌水浸泡土壤，土面盖地膜，密闭温室，使土壤温度升到50-70℃，密闭15-30天，揭去地膜即可耕种。
三、设备表面的消毒⑴直接喷雾消毒用1%-2%的氢氧化钠水溶液或1%的甲醛溶液，直接对墙壁、柱、玻璃窗框或塑料拱杆及附属设备喷雾消毒。⑵熏蒸在播种或定植前两三天进行熏蒸，每立方米空间用硫磺粉4克和锯末8克（或用25%百菌清1克和锯末8克），分成几份放在花盆或其它容器中，分别放在温室不同位置，点燃成烟雾状，扣棚熏蒸一昼夜。
四、药剂消毒法可用甲醛、托布津、多菌灵、敌克松等药剂进行土壤消毒。一般在深翻过后，用浓度50-100倍的甲醛喷洒地面，喷后耙平，用塑料薄膜覆盖地面两天，然后揭去地膜放风，两周后种植。
