棉田套种能提高综合经济效益，但频繁使用农药防治棉花病虫害，会使套种的瓜、果、蔬菜等污染严重，应采取措施减轻农药污染。
选用良种选用抗虫、抗病抗逆性强的品种，棉花选用鲁棉研１５号、中棉所４８等品种？熏间套种作物选用西农８号西瓜、新红宝西瓜等品种。
防治苗期病虫害棉花和瓜菜等作物在移栽前控制好病虫，确保幼苗移入大田后有较长时间不需用药。培育大壮苗，增强作物抗逆能力，减少施药次数。
缩短套种作物共生期选用早熟品种，采用育苗移栽、地膜覆盖、搭建小棚、提前采收等栽培措施，缩短瓜菜与棉花的共生期，促使瓜菜在棉花用药高峰前离田，减轻污染。
无公害防治采用灯光诱蛾、插把诱蛾、性诱剂诱杀等方法消灭成虫，减少病虫基数。选用Ｂｔ、蜕皮抑制剂抑太保等生物农药和植物农药防治害虫。也可以利用七星瓢虫、草蛉、金小蜂等天敌抑制害虫。
科学用药选择高效、低毒、低残留农药，掌握在病虫害防治适期用药，提高防治效果。减少农药使用次数，严格掌握安全间隔期。也可以采取毒饵诱杀、涂茎、挑治等方法防治，最大限度地减轻农药污染。
